La SEIB se creó formalmente en 1981 con el nombre de Asociación Española de Bioingeniería (AEB), y su nombre fue cambiado en 1995 por el actual, siguiendo la tendencia internacional. Desde su creación, la sociedad ha estado dirigida por seis presidentes (G. Ferraté, F. Fernández, J.L. Monteagudo, J.M. Ferrero,  L. Roa y R. Jané).

Su principal objetivo es promocionar el contacto entre empresas, profesionales, investigadores y estudiantes que desarrollan su actividad en las diversas ramas de la Ingeniería Biomédica o se sienten motivados en este campo.